Yeni Cami, Malatya’nın ‘Büyük Zelzele’ diye adlandırdıkları 3 Mart 1894’te meydana gelen depremde yıkılan Hacı Yusuf Camii’nin yerine yapılmaya başlanmış, halkın yardımı ve Padişah 2’nci Abdülhamid’in katkılarıyla inşaatı devam ettirilmiş, yapımı ancak 1913’te tamamlanmıştır.
14 Mart 1964’te meydana gelen depremde ise cami büyük hasar görmüş, kubbe ve bazı duvarlarında çatlaklar oluşmuş, külah üst taşları düşmüştür. Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından yapılan çalışmayla cami yeniden onarılmış, düşen külah taşlarının yerine büyük boy minare alemleri takılmıştı.
